Los Fondos Estructurales como el Fondo de Cohesión, de la Unión Europea, tienen como finalidad favorecer un mayor grado de cohesión económica y social en el espacio comunitario, a través de la cofinanciación de las políticas de gasto público desarrolladas por los estados-miembros y dirigidas a la consecución de dicho objetivo.
La DGMAPIAE actúa como Organismo Intermedio en el Programa Operativo de Economía basada en el Conocimiento (regiones Convergencia y Phasing-out) y en los Programas Regionales de Competitividad de Aragón, Baleares, Cantabria, Navarra y La Rioja. Las actuaciones a desarrollar en el Programa Operativo de Economía basada en el Conocimiento corresponden al Eje 1, Tema Prioritario 13: Servicios y Aplicaciones para el ciudadano y al eje 7 asistencia técnica, Tema Prioritario 85 Preparación, ejecución, seguimiento e inspección.
Las regiones objetivo del Programa Operativo de Economía basada en el Conocimiento son las siguientes: Galicia, Andalucía, Castilla-La Mancha y Extremadura, Asturias, Región de Murcia, Ceuta y Melilla, siendo la ayuda comunitaria del 80% y la contribución nacional del 20%.